Llegó la clasificación, y Márquez jugó con Yamaha. El piloto de Honda llegaba a la Q2 tras haber dado un paso adelante con respecto al ritmo en el último entrenamiento libre, y le arrebató a Lorenzo una pole que era suya. En su penúltima vuelta, Márquez rebajó el crono de Jorge en el primer parcial, se aprovechó del rebufo de Valentino Rossi en los siguientes, le adelantó al final del giro y marcó un crono de 1:54.596.
Este tiempo rebaja en varias décimas el anterior récord de la pista, que consiguió Lorenzo en 2015, y que el propio mallorquín logró rebajar unos minutos antes de hacerlo Márquez. El piloto español de Yamaha se las prometía muy felices, tras superar por 7 décimas a sus rivales en el FP3, llegando a la Q2 como máximo favorito. Finalmente, se encontró con la vuelta de Marc y acaba segundo, a 253 milésimas, pero con buenas sensaciones de cara a mañana.
Detrás, Iannone cierra la primera fila de la parrilla tras conseguir un 1:55.227 en su última vuelta, pero lejos de Márquez, a 631 milésimas. Detrás, en la segunda fila, aparecen Aleix Espargaró, superando sus problemas físicos, Héctor Barberá, que se aprovechó de las Honda al comienzo de la sesión para marcar su tiempo y ser la mejor moto privada, y Valentino Rossi. El nueve veces campeón del mundo no tuvo una buena sesión, fue taponado por Pol Espargaró y Márquez al término de la sesión, y en solitario no consiguió destacar. Pese a ello, llegará mañana con un buen ritmo de carrera, dispuesto a presentar sus opciones de victoria.
Cierran los puestos de Q2: Andrea Dovizioso, que tuvo algunos problemas mecánicos en su Ducati al comienzo de la clasificación, Maverick Viñales, más lejos de la cabeza que por la mañana, Dani Pedrosa, Cal Crutchlow, Bradley Smith y Pol Espargaró. Entre ellos, fueron Pedrosa y Smith los que consiguieron superar el corte de la Q1, sin mayores problemas.
Detrás, no pasaron el corte: Petrucci, Redding, Laverty, Bradl, Baz, Hernández, Bautista y Rabat. Hay que recordar que Danilo Petrucci saldrá tres posiciones más retrasado, debido a su incidente con Laverty en el pasado Gran Premio de Austria, y que Jack Miller no correrá por decisión propia, ya que, pese a ser declarado apto, decidió perderse la carrera de mañana para evitar que se agrave su lesión en la vértebra.
Así llega MotoGP a la undécima carrera del año, una prueba que podría ser en mojado, debido a que se espera que comience a llover esta noche sobre el Autódromo de Brno, y que esta situación se alargue hasta mañana. A las 2, los pilotos saldrán a pista por segunda vez, tras hacerlo en primer lugar a las 9:40 horas de la mañana, con motivo del Warm Up.