La jornada de sábado, en lo que a clasificaciones se refiere, arrancaba con Moto3. El crono se ponía en marcha con 15 minutos por delante, pero la pista estaba con gran cantidad de agua, no iba a ser fácil. Dieciséis pilotos estaban en pista para la primera manga, solo cuatro de ellos lograrían pasar el corte para la pelea final. Pronto aparecía la primera bandera amarilla de la mañana en Qualy, el protagonista era Taiyo Furusato, el piloto del Honda Team Asia volvía a caerse, aunque pudo marcharse por su propio pie. A falta de 3 minutos, cuando Öncü lideraba la tabla de tiempos, Iván Ortolá se fue al suelo, era sexto. Poco después caía también Kaito Toba, justo cuando empezaba a abrirse paso el sol. Ortolá volvía a caerse tras un movimiento inesperado fruto del encuentro con Salvador en pista, también se iba al suelo Bartolini. Salvador acababa también en el suelo cuando el crono llegaba a cero, pasaban el corte a Q2 Öncü, Foggia, Nepa y Whatley.
Así se pasaba a Q2 para Moto3, viento y pista mojada, pero sin lluvia para los siguientes 15 minutos. A falta de 11 minutos y medio Sergio García se iba al suelo, pero corría rápido a levantar su moto para seguir. Los tiempos iban mejorando vuelta tras vuelta, se colocaban en torno al 2:06.441. Joshua Whatley se caía a falta de 8 minutos y se veía obligado a decir adiós por hoy después de haber logrado pasar el corte para meterse en Q2. Algo similar le sucedía a Nepa, aunque Stefano sí lograba volver a pista. A falta de 4 minutos los pilotos empezaban a sentirse más cómodos y de esa forma iban lanzando mordiscos al crono para colocarse en lo más alto. Fellon marcaba el mejor crono, lo perdía por vuelta anulada y volvía a batir el registro en el siguiente giro. Mientras que Yamanaka se iba al suelo y ayudaban para volver a salir a pista.
Sergio García tenía una segunda caída en esta Q2, cualquier exceso de confianza se pagaba hoy en Portimao, pues eran muchos los pilotos que se iban al suelo. Daniel Holgado también se iba al suelo, su caída fue un poco más dura y, aunque se retiró por sus propios medios, el de KTM fue atendido rápidamente a pie de pista. García se marchaba también andando, pero se tocaba la pierna. El empuje final por la pole fue intenso, pero Deniz Öncü supo imponerse a los demás, el turco firmaba una gran pole en Portimao para salir mañana primero, segunda pole de su carrera y quinto poleman distinto de esta temporada. El de KTM venía de liderar la Q1 y firmaba la pole de Moto3, tras él se colocaban Aji y Fellon, Migno saldrá undécimo y Foggia duodécimo.