Jorge Martín dominó la clasificación del Gran Premio de Indonesia con una actuación deslumbrante, batiendo dos veces el récord del circuito y asegurando la pole position con un tiempo de 1:29.088. El madrileño, líder del mundial, sacó más de medio segundo al segundo clasificado y dejó a su principal rival en el campeonato, Pecco Bagnaia, a casi siete décimas de distancia.
Marc Márquez, que trató de seguir el ritmo de Martín, sufrió dos caídas durante la Q2, primero en la curva 15 y luego en la curva 10, lo que lo relegó a la última posición de esta ronda clasificatoria, obligándolo a partir desde la cuarta fila en la parrilla. Esta situación complica aún más su carrera, dado el estado complicado de la pista.
Marco Bezzecchi y Pedro Acosta completaron la primera fila de la parrilla, con Bezzecchi marcando un impresionante segundo puesto a pesar de una caída, y Acosta sorprendiendo con una vuelta rápida en los últimos momentos de la sesión. Bagnaia, por su parte, no pudo exprimir al máximo su Ducati y terminó cuarto, seguido por Enea Bastianini, quien también sufrió una caída y solo pudo clasificar quinto.
En la segunda fila estarán también Fabio Quartararo, que sigue mostrando señales de recuperación con su Yamaha. Johann Zarco, proveniente de la Q1, logró colocarse en séptima posición, superando a Fabio Di Giannantonio, Franco Morbidelli y Raúl Fernández, quienes completan el top 11.
Aleix Espargaró y Alex Márquez, favoritos para pasar a la Q2, no lograron clasificarse tras caídas en sus respectivas sesiones. Brad Binder, otro contendiente fuerte, se vio afectado por problemas mecánicos, lo que le dejó en la 19ª posición para la carrera.
