Marc Márquez fue el más rápido en la sesión de clasificación del sábado en Malasia, pero una decisión de los comisarios le ha dejado sin su pole position. El agraciado ha sido el piloto del Yamaha Tech3, Johann Zarco, que saldrá primero en carrera pese a no completar la vuelta más rápida. El piloto de Honda ha sido sancionado con seis posiciones por molestar a Ianonne cuando se encontraba realizando su vuelta rápida.
La decisión oficial ha sido emitida en un comunicado donde "se señala que Márquez circulaba de manera irresponsable, yendo lento en la línea de trazada y molestando a otro piloto”. Por lo tanto, Márquez saldrá séptimo mañana, la sanción es mayor que en Austin por ser reincidente y haber cometido la misma acción en dos carreras esta temporada. Valentino Rossi y Andrea Ianonne completarán la primera fila en la carrera del domingo.
En segunda fila saldrán Dovizioso, Miller y Petrucci. Marc saldrá abriendo la tercera fila, con Rins, Bautista, Pedrosa y Viñales por detrás. Dura batalla se le presenta al piloto catalán, que quiere cerrar el campeonato demostrando que es el mejor en cualquier pista.
