En un circuito en el que se tardan casi dos minutos en completar una vuelta, sólo un segundo separó a los 14 primeros clasificados del segundo entrenamiento libre del Gran Premio de Qatar, que fue liderado por Andrea Dovizioso (1.54.361) por delante de Danilo Petrucci, también con Ducati, y Alex Rins, que fue tercero finalmente y que llegó a dominar el entrenamiento cuando faltaban menos de ocho minutos para el final.
Dovizioso ya había dominado por la mañana (1.55.366) en el entrenamiento diurno, y fue capaz de bajar más de un segundo su tiempo por la tarde con menos temperatura. El salto lo dieron Petrucci, que terminó a 0.006, y sobre todo las Suzuki, con Rins a 0.097 y, quinto, Andrea Iannone logrando una buena vuelta rápida al final del entrenamiento. Cuarto fue Jorge Lorenzo que en la parte final del entrenamiento logró bajar sus tiempos y acercarse a 0.470 de su compañero de equipo.