La primera toma de contacto con el circuito de Motegi estuvo marcada por una ligera lluvia intermitente que condicionó de forma decisiva la actividad en pista. Los pilotos apenas pudieron completar entre cinco y siete vueltas de calidad, lo que complicó la tarea de sacar conclusiones definitivas de cara al fin de semana. A pesar de ello, el duelo entre Pecco Bagnaia y Jorge Martín, que ha sido la tónica de la temporada, volvió a escenificarse en esta sesión.
Bagnaia fue el más rápido de todos, aunque su tiempo estuvo a dos segundos del registro que el año pasado le dio la pole a Martín. Esa diferencia ilustra las precauciones que tomaron los pilotos en un asfalto poco favorable para arriesgar. Aun así, el actual campeón superó por una décima a Martín, quien se mantuvo en la pelea, seguido por Fabio Di Giannantonio en tercer lugar, quien todavía se recupera de sus recientes caídas.
Marc Márquez, a bordo de su Ducati, terminó en cuarta posición, completando un dominio de la marca italiana entre los primeros cuatro clasificados. Jack Miller, quinto con su KTM, demostró una vez más su habilidad en condiciones mixtas, mientras que Joan Mir fue el mejor entre las motos japonesas, finalizando en séptimo lugar, a siete décimas de Bagnaia. Por detrás, Johann Zarco, Maverick Viñales y Enea Bastianini completaron el top diez.
Fuera de los diez primeros se quedaron pilotos como Pedro Acosta, decimotercero, y Fabio Quartararo, que no pudo mejorar más allá del decimoséptimo puesto. Con las condiciones meteorológicas como un factor impredecible, se espera que la batalla entre Bagnaia y Martín continúe durante el fin de semana en Japón.