Pecco Bagnaia continúa en gran forma en el Gran Premio de Malasia, liderando tanto el FP1 como el FP2, mostrando un fuerte ritmo en Sepang. Aunque Jorge Martín logró superar el tiempo de Bagnaia a falta de ocho minutos para el final de la sesión, el italiano no tardó en responder, recuperando el liderato con un impresionante último intento a menos de cuatro minutos del cierre. Sin embargo, el español se vio frustrado en su esfuerzo final tras perder el control en la curva uno, acumulando su 15ª caída de la temporada, la misma situación que vivió en Misano y Australia.
Pese al incidente, Martín logró el segundo mejor tiempo, asegurando su pase directo a la Q2, con un ritmo consistente hasta su error en el time attack. A dos décimas del líder, Enea Bastianini se colocó en la tercera posición, seguido de Maverick Viñales, quien es uno de los pocos pilotos, junto con Bagnaia y Martín, que ha clasificado directamente a la Q2 en cada Gran Premio de la temporada.
Alex Márquez finalizó quinto, superando a Fabio Quartararo, que logró ser el mejor clasificado de las motos japonesas en la sexta posición. Franco Morbidelli fue séptimo con su Ducati GP24, mientras que Alex Rins, al rebufo de Bagnaia, consiguió colarse en la Q2, lo cual representa un logro poco común para el piloto catalán. Jack Miller y Marc Márquez completaron el top 10, siendo este último el último en lograr el pase directo a la Q2, superando a Pedro Acosta por apenas 76 milésimas.
A pesar de los intentos de Acosta y de otros pilotos destacados como Marco Bezzecchi y Brad Binder, estos no lograron el pase directo, y tendrán que disputar la Q1. Aleix Espargaró, por su parte, tuvo una sesión complicada con dos caídas en la curva 9, y Joan Mir cerró en el puesto 20.
Finalmente, Andrea Iannone, en su regreso a MotoGP, logró finalizar por delante de Lorenzo Savadori, mostrando un desempeño respetable al quedar a menos de dos segundos del tiempo de Bagnaia.
