En una segunda eliminatoria (Q2) marcada por las difíciles condiciones de un asfalto resbaladizo en Motegi, Pedro Acosta brilló para llevarse su primera pole en la categoría reina. El piloto de GasGas se mantuvo consistentemente en la parte alta de la tabla, siempre entre los tres primeros, en una batalla directa con Marc Márquez por el mejor tiempo. Finalmente, Acosta se convirtió en el tercer piloto más joven en lograr una pole en MotoGP, solo por detrás de Fabio Quartararo y el propio Márquez, siendo también el primero del grupo KTM en hacerlo en lo que va de 2024.
La pole del murciano fue facilitada en parte por un error de Márquez, quien vio su mejor vuelta cancelada tras pisar fuera de los límites de la pista, relegándolo a la novena posición.
Junto a Acosta, en la primera línea de salida estará Pecco Bagnaia, quien salvó su sesión después de problemas con su primer neumático trasero y logró mejorar con el segundo juego de gomas. Bagnaia se encuentra en una posición ideal para recortar puntos a Jorge Martín, que cometió un error crucial al caerse en su vuelta decisiva, quedando undécimo y muy expuesto a complicaciones en carrera. Maverick Viñales, que mostró un gran ritmo tanto el viernes como el sábado, completará la primera línea y se presenta como un serio contendiente en la lucha por la victoria.
La segunda fila estará compuesta por Enea Bastianini (cuarto), Brad Binder (quinto) y Franco Morbidelli, que, tras superar la Q1, se convirtió en el tercer piloto más rápido entre las Ducati. Fabio Di Giannantonio partirá séptimo, optando por una estrategia diferente al mantener el mismo juego de neumáticos durante toda la Q2.
Marco Bezzecchi arrancará octavo, por delante de los hermanos Márquez, con Marc noveno y Álex décimo. Entre los pilotos que partirán desde las posiciones más retrasadas destacan Aleix Espargaró (15º), Joan Mir (17º) y Álex Rins (19º), quienes tendrán que remontar si quieren estar en la pelea.
